Embora a origem do Paço de São Miguel remonte à Idade Média, da edificação desse período poucos vestígios se conservam em resultado da destruição de que o espaço foi alvo na sequência dos confrontos ocorridos durante a crise de sucessão ao trono de 1383-85 entre os partidários de D. Leonor Teles e os de D. João, Mestre de Avis, futuro rei de Portugal.

A existência deste edifício tal como hoje o conhecemos, em termos patrimoniais e arquitetónicos, está associada à história de duas famílias cuja presença no Páteo de São Miguel se encontra separada por cerca de cinco séculos: os Condes de Basto (ou Castro das Treze Arruelas) e a família Eugénio de Almeida.

À primeira destas famílias, que aqui residiu entre o final do séc. XV e a primeira metade do séc. XVII, deve-se quer a importante campanha de obras do século XVI que conferiu ao Paço de São Miguel uma configuração muito próxima à atual, quer a encomenda do extraordinário conjunto de frescos quinhentistas que reveste os tetos de algumas das salas, de temática profana, da autoria dos pintores Francisco de Campos, Tomás Luís e Geraldo Fernandes de Prado.

Os Condes de Basto, pertencentes à família dos Castro das Treze Arruelas, cujas armas se encontram nos frontões de ambos os portais à entrada do Páteo de São Miguel, foram designados no século XV pelo Rei D. Afonso V Capitães-mor da cidade, estabelecendo a sede da capitania e a sua residência no Paço de São Miguel que lhes foi doado como reconhecimento dos serviços prestados à coroa nas campanhas do norte de África e na Batalha de Toro.

A reedificação do Paço de São Miguel e as obras de ampliação e reestruturação de que foi objeto durante este período visaram conferir ao edifício a imponência e beleza arquitetónica que refletisse a crescente riqueza patrimonial e o prestígio político e social alcançado pelos Castro.

Esta manifestação do seu poder e estatuto económico era particularmente sensível em Évora que, desde o limiar do século XVI, se assumira como um importante foco cultural da Península Ibérica e era considerada a segunda cidade do país, como o comprova a frequência com que contava com a presença do Rei e da Corte. Registe-se, aliás, que a campanha de obras de 1570 promovida pelo 3.º Capitão-Mor da cidade, D. Diogo de Castro, teve como objetivo conferir ao espaço a dignidade necessária para receber o Rei D. Sebastião que aqui residiu na primeira metade da década de 70 do século XVI durante o período que frequentou as aulas da Universidade de Évora, fundada pelo seu tio-avô, o Cardeal D. Henrique.

Na sequência do desastre da Batalha de Alcácer Quibir, de que resultou a morte do Rei D. Sebastião, uma crise de sucessão ao trono e a perda de independência do reino para Espanha, os Castro das Treze Arruelas tornaram-se fiéis ao novo poder e à Dinastia Filipina, chegando a ser vice-reis de Portugal em nome da coroa espanhola. O reconhecimento da sua lealdade à causa de Espanha refletiu-se na concessão do título de Conde de Basto a D. Fernando de Castro por parte de Filipe II, em 1583, aquando da sua estadia no Paço. É por esta razão que o Paço de São Miguel é também conhecido como Palácio dos Condes de Basto.

Com a Restauração da Independência e a subida ao trono de D. João IV, que deu início à Dinastia de Bragança, a família dos Castro das Trezes Arruelas cai em desgraça e é obrigada a retirar-se para Espanha. Apesar de, nos séculos seguintes, o Paço de São Miguel ter sido palco de alguns acontecimentos associados à História de Portugal e ter recebido personalidades de relevo, como a futura rainha consorte de Inglaterra, D. Catarina de Bragança, o edifício atravessa uma fase sombria responsável pelo avançado estado de ruína em que chega ao século XX.

À segunda família, a família Eugénio de Almeida e em especial ao Eng.º Vasco Maria Eugénio de Almeida, deve-se, no século XX, a profunda intervenção de conservação e restauro de todo complexo de edifícios do Páteo de São Miguel que se prolongou por cerca de 15 anos. Vasco Maria Eugénio de Almeida adquiriu o Páteo de São Miguel em 1957 com o objetivo de aí fixar a sua residência durante as estadias em Évora, instalar o Arquivo e Biblioteca da família e estabelecer a sede da Fundação Eugénio de Almeida, que veio a criar em 1963. Outro motivo para a aquisição deste espaço foi corresponder ao apelo das autoridades locais sem os meios necessários para proceder, à época, à recuperação do edifício, classificado como Monumento Nacional desde 1922.